Im Jahr 1836 bauten die Bewohner des Dorfes Wilowatoje eine Holzkirche. Zum Kirchenkomplex gehörten auch eine Kirchenschule und Häuser für den Klerus.

Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts wurde die Holzkirche zu klein. Im Jahr 1900 wandten sich die Gemeindemitglieder mit der Bitte um Erlaubnis zum Bau einer Steinkirche, die für 1500 Personen ausgelegt war. Der Bau begann noch im selben Jahr mit Spenden der Gemeindemitglieder und Mitteln des Buzuluk-Händlers Wasilij Tichonowitsch Prochorow.

Der Bau des Steingebäudes dauerte über zehn Jahre und wurde 1914 abgeschlossen. Sechs Jahre später wurde die Kirche geschlossen, die Geistlichen wurden vertrieben und das Gebäude wurde versucht zu sprengen.

In den 1930er Jahren sammelten Aktivisten Unterschriften für die Schließung der Gemeinde, und viele Dorfbewohner waren gezwungen, das Gesuch zu unterschreiben. Der Händler Prochorow, der am Bau der Kirche beteiligt war, wurde verhaftet und erschossen. 1944, so erinnert sich ein Zeitzeuge, versuchte man, die Kirche zu sprengen, um die Ziegel für den Bau eines Flugplatzes zu verwenden. Die Militärs schossen mit einer Kanone und zerstörten die Kuppel, eine Wand des Glockenturms, die Wintertaufkapelle und den Eingang zum Glockenturm. Es gelang nicht, die Kirche vollständig zu zerstören. Das Gebäude wurde als Getreidespeicher und Traktorenstellplatz genutzt. Die Ikonen wurden in die nordliche Kapelle geworfen, während das Tuch und der Altar selbst beim Einlagern des Getreides unberührt blieben. Die Glocken wurden in den Kriegsjahren abgenommen. An Feiertagen kamen die Dorfbewohner zur geschlossenen Kirche und sangen Gebete.

Seit 1991 wurde dank des Erzbischofs Jewsewij Sawwin die Gemeinde des Erzengels Michael im Dorf Wilowatoje eröffnet. 1993 begannen die Einheimischen mit der Wiederherstellung der Kirche, und es fanden die ersten Gottesdienste statt.

Im Jahr 2001 segnete Bischof Sergij den Hierodiakon Alexij Medwedew, im Dorf zu dienen. Die ersten anderthalb Jahre fanden die Gottesdienste fast ohne Gemeindemitglieder statt. Jetzt dient Vater Alexij, der zum Hieromönch geworden ist, weiterhin in der Kirche. Dank seiner Bemühungen und der Hilfe der Einheimischen begann die Kirche wieder zu erblühen: die zentrale Kuppel wurde installiert, das Dach repariert, der Ikonostase aufgestellt, die Türen ersetzt und die Innenwände weiß gestrichen. Die Zahl der Gemeindemitglieder hat erheblich zugenommen, und jetzt kommen Menschen nicht nur aus Samara und der Region, sondern aus ganz Russland zur Kirche.