Im Jahr 1858 wurde der Hieromönch Feoktist zum Baumeister des Klosters ernannt. Dank der Großzügigkeit des Kirchenstifters konnte Feoktist schnell an der Stelle der alten Ruinen eine neue Kirche der Einzug-Jerusalem-Kirche errichten, die der Fëdorowskaja Ikone der Gottesmutter geweiht wurde. Der Bau wurde 1860 abgeschlossen. Die Kirche wurde nach einem hochwertigen Projekt im Stil des späten Klassizismus errichtet. Obwohl ihre äußere Gestaltung etwas zurückhaltend war, hinterließ das Gebäude insgesamt einen würdigen Eindruck. Das majestätische und ruhige Erscheinungsbild der Kirche harmonierte mit dem asketischen Geist der alten Abtei. Der Bau entging dem Einfluss des "degradierenden Klassizismus" und der Buntheit des "russischen Stils".

In den Jahren 1917 und 1918 wurde das Kloster geplündert, die Galerie der Porträts der kolomnaer Bischöfe ging verloren. Zu Beginn der 1920er Jahre wurde das Kloster geschlossen und begann allmählich zu verfallen. Im Brüderlichen Gebäude wurden Wohnungen für Arbeiter des Staatsgutes eingerichtet, und im Abtshaus eine Grundschule, ein Gesundheitszentrum und Unterkünfte für Arbeiter. Über Jahrzehnte hinweg wurde die Kirche zur Lagerstätte für mineralische Düngemittel genutzt. Doch selbst in der Mitte des 20. Jahrhunderts blieb ein Teil der Klosterbibliothek in der Sakristei. Der endgültige Schlag kam mit der Einrichtung einer Garage in der Kirche der Fëdorowskaja Ikone: die Altarwand wurde durchbrochen, und durch sie fuhren Traktoren in die Kirche. Klosterbücher und Manuskripte wurden auf die Straße geworfen, und schließlich verwandelte sich das Kloster in eine Müllhalde.

Im März 1991 gaben Seine Heiligkeit der Patriarch von Moskau und ganz Russland Alexius II. und der Heilige Synod den Segen zur Wiedereröffnung des Bobrenev-Klosters. Von diesem Zeitpunkt an begann die Wiederherstellung des Denkmals, das mit dem Kulikowo-Sieg verbunden ist. Die Restaurierung übernahm die Gemeinde der Moskauer Kirche Allerheiligen in Sokol unter der Leitung des Vorstehers B. S. Kudinkins. Im Brüderlichen Gebäude wurde eine kleine Hauskirche eröffnet. Am 18. Juli 1992 feierte der Hochwürdigste Metropolit von Kolomna und Krutitsy Juvenalij die erste Göttliche Liturgie im sich wiederherstellenden Kloster. Am 29. August 2005 fand die feierliche große Weihe der restaurierten Fëdorowskaja Kirche statt, die ebenfalls von Metropolit Juvenalij vollzogen wurde.