Первое упоминание о деревянной церкви во имя пророка Илии в селе Подгоры датируется 1640 годом, первой половиной XVII века. В 1860 году началось строительство кирпичного здания, которое заменило деревянное. Завершение строительства кирпичной церкви произошло в 1890 году. В начале 1930-х годов церковь была закрыта, здание частично разрушено, а оставшаяся часть использовалась не по назначению.

С 1993 года в селе действует православный приход церкви пророка Илии. В октябре того же года глава администрации Волжского района Василий Явон подписал постановление, согласно которому Самарская епархия получила право собственности на 0,49 гектара земли в селе Подгоры.

Восстановление полуразрушенного храма началось в 1998 году. К маю 2003 года храм был восстановлен, украшен красными куполами, символизирующими огненную колесницу пророка Илии, на которые установили золотые кресты. 10 июня 2003 года в храме состоялась первая за последние восемьдесят лет Божественная литургия, и с этого момента богослужения стали регулярными.

Осенью 2004 года в монастыре началось строительство деревянного храма в честь самарского святого, священномученика Константина Сухова. 22 октября 2007 года архиепископ Сергий провел великое освящение храма и первую Божественную литургию.

С 2005 года в Ильинском храме начали проводиться ежедневные службы по полному уставному чину, и здесь круглосуточно читается Неусыпаемая псалтырь. Позже скит был преобразован в Заволжский Свято-Ильинский женский монастырь. В обители построены небольшие келейные корпуса, игуменский дом и дом для священнослужителей. Завершено строительство домового храма во имя великомученицы Анастасии Узорешительницы в игуменском доме.