За последние пятьдесят лет Ярославский художественный музей зарекомендовал себя как уважаемый научно-исследовательский центр. В его главном здании представлены основные экспозиции, посвященные русскому искусству XVIII и начала XX веков, а также искусству XX века. К зданию примыкает парк с экспозицией "Губернаторский сад. Скульптура в пленэре". В Митрополичьих палатах открыта выставка древнерусского искусства XIII-XIX веков. В 2014 году на Советской площади был открыт Музей зарубежного искусства, где представлены западноевропейское искусство XVI - начала XX веков и искусство Востока. В селе Рыбницы действует филиал музея, Дом-музей скульптора А.М. Опекушина с экспозицией "Лепных дел мастера". В Тутаеве находится филиал "Домъ на Новинской" с экспозициями "Провинциальный банк" и "Квартира управляющего банком". В 1986 году музей приобрел коллекцию живописи, графики, медалей, монет и посуды, собранную В.В. Ашиком. Передача коллекции, насчитывающей 22 тысячи предметов, длилась с 1986 по 2000 год. С 1996 года в музее проходят научные чтения по изучению древнерусского искусства, посвященные памяти исследователя ярославской иконописи Ирины Петровны Болотцевой. Музей ежегодно издает "Сборник научных чтений", а также каталоги своих собраний иконописи и графики. Ведется работа над каталогом живописи. Ярославский художественный музей активно занимается сохранением древних памятников, создавая их копии для действующих церквей. В 2010 году, к 1000-летию Ярославля, музей подготовил копии икон Успенского собора XVII века. Копии были выполнены в рамках федеральной программы "Культура России" и установлены в иконостас нового Успенского собора. В 2013 году музей выделил 300 тысяч рублей на создание копии "Рамы от иконы Богоматери Казанской с 20 клеймами", которые были переданы Казанскому женскому монастырю. Ярославский художественный музей одним из первых в России начал проводить музыкальные салоны в своих экспозициях. Ансамбль "Барокко" исполняет музыку от барокко до авангарда и участвует в музейных мероприятиях. Музей активно участвует в международных акциях, таких как "Ночь музеев" и фестиваль "Интермузей". Его сотрудники неоднократно получали награды и гранты, в том числе от Президента России и Благотворительных фондов. В 1997 году музей победил в конкурсе "Окно в Россию", организованном газетой "Культура". В 2000 году получил грант Института "Открытое общество" на создание экспозиций в филиале "Дом на Новинской". В 2003 году на фестивале "Интермузей" музей получил в дар оборудование для открытых фондов живописи. В 2007 году проект "Русские художники в Китае" стал лауреатом фестиваля "Интермузей-2007". В 2010 году музей получил грант Президента России на создание экспозиции "Искусство XX века". В 2013 году проект "Дом в разрезе" стал лауреатом конкурса Благотворительного фонда В. Потанина, а проект "Семинаристы в музее" победил на фестивале "Интермузей-2013". В 2015 году музей стал единственным российским номинантом на международный конкурс "Европейский музей 2016 года".