До войны русская община в Берлине пользовалась домашней церковью при Российском Посольстве на улице Унтер ден Линден. Уже тогда настоятель и глава православной миссии протоиерей Алексий Мальцев стремился построить отдельный храм.

В 1921 году деятельность Русской Православной Церкви в Берлине возобновилась, но в 1922 году посольство перешло к советскому правительству, и вместе с ним православные потеряли постоянный храм, вынуждены были арендовать временные помещения. Архимандрит Тихон (Лященко), возглавивший православную церковь в Германии, поставил цель вернуть общине храм. Был создан строительный комитет, который смог собрать некоторые пожертвования.

Из-за различных причин строительство храма откладывалось до 1938 года. В его возведении помогали правительство Германии, Евангелическая община, общественные организации, а также великий князь Кирилл Владимирович, царь Фердинанд Болгарский и король Югославии.

Новый собор был построен архитектором Шельбергом в ярославском стиле. Иконостас для него взяли из старой русской церкви в Варшаве. 12 июня 1938 года состоялось торжественное освящение собора, которое возглавил митрополит Анастасий (Грибановский), первоиерарх РПЦЗ.

В 1945 году по решению настоятеля и прихода собор перешел в юрисдикцию Русской Православной Церкви Московского Патриархата, оставаясь собственностью города. Позже состоялось множество встреч представителей Московской Патриархии с мэром города по вопросу передачи собора в собственность Берлинской епархии, но они заканчивались отказом.

В 2008 году игумен Даниил (Ирбитс), ответственный за взаимодействие Берлинской епархии РПЦ МП с правительством Германии и общественностью, возобновил переговоры с мэрией Берлина о приобретении собора. В 2010 году власти города согласились продать собор и землю под ним Берлинской епархии Московского Патриархата, и сделка была оформлена в начале 2011 года.