Antes de la guerra, la comunidad rusa en Berlín utilizaba la iglesia doméstica en la Embajada Rusa en la calle Unter den Linden. Ya entonces, el rector y jefe de la misión ortodoxa, el protoiereo Alexei Maltsev, aspiraba a construir un templo separado.

En 1921, la actividad de la Iglesia Ortodoxa Rusa en Berlín se reanudó, pero en 1922 la embajada pasó al gobierno soviético, y junto con ella, los ortodoxos perdieron su templo permanente, viéndose obligados a alquilar locales temporales. El archimandrita Tikhon (Lyashenko), quien encabezó la iglesia ortodoxa en Alemania, se propuso devolver a la comunidad su templo. Se creó un comité de construcción que logró reunir algunas donaciones.

Por diversas razones, la construcción del templo se pospuso hasta 1938. En su edificación ayudaron el gobierno de Alemania, la comunidad evangélica, organizaciones sociales, así como el gran duque Kirill Vladimirovich, el rey Fernando de Bulgaria y el rey de Yugoslavia.

La nueva catedral fue construida por el arquitecto Shelberg en estilo yaroslaviano. El iconostasio fue tomado de la antigua iglesia rusa en Varsovia. El 12 de junio de 1938 se llevó a cabo la solemne consagración de la catedral, presidida por el metropolitano Anastasio (Gribanovsky), primado de la RPCZ.

En 1945, por decisión del rector y la parroquia, la catedral pasó a la jurisdicción de la Iglesia Ortodoxa Rusa del Patriarcado de Moscú, permaneciendo como propiedad de la ciudad. Posteriormente, hubo numerosas reuniones entre representantes del Patriarcado de Moscú y el alcalde de la ciudad sobre la cuestión de la transferencia de la catedral a la propiedad de la diócesis de Berlín, pero todas terminaron en negativa.

En 2008, el igumen Daniil (Irbits), responsable de la interacción de la diócesis de Berlín de la RPC MP con el gobierno de Alemania y la sociedad, reanudó las negociaciones con la alcaldía de Berlín sobre la adquisición de la catedral. En 2010, las autoridades de la ciudad aceptaron vender la catedral y el terreno bajo ella a la diócesis de Berlín del Patriarcado de Moscú, y la transacción se formalizó a principios de 2011.