Въезд на территорию монастыря осуществлялся через Святые и Водяные ворота, которые находились в южной стене, параллельной реке. В XVII веке, когда южную стену перестраивали, были возведены новые Водяные ворота, которые использовались в повседневной жизни для поездок за водой на Которосль.

Водяные ворота были спроектированы так, чтобы оставаться незаметными при возможном штурме, и не выходили за пределы линии стен. Через арку можно было попасть в узкий проход, простреливаемый в любой его точке. Из каменной будки над проездом, оборудованной окнами-бойницами, за порядком следил специально назначенный привратник. На боевой площадке над воротами можно было разместить пищаль или небольшую пушку. В настоящее время этот проход перекрыт цилиндрическим арочным сводом. Ранее на пересекающихся арках находились четверо железных ворот.