История монастыря началась с богадельни для пожилых людей при храме Всех Святых. Церковь-часовня была возведена в 1849, 1856 годах благодаря Верхне-Городковскому купцу Павлу Кропачеву и изначально служила кладбищенской приписной церковью при храме Рождества Христова в поселке Верхне-Чусовские Городки. В 1920-х годах церковь закрыли, а здание использовали как спичечную фабрику. По просьбе общины здание вернули в 1946 году после закрытия Рождественского храма. С 1955 по 1981 год настоятелем Всехсвятской церкви был старец протоиерей Николай Рогозин.

В 1989 году при храме открылась богадельня, где проживало около десяти пожилых женщин, многие из которых были духовными чадами отца Николая. Указом Архиепископа Пермского и Соликамского Афанасия от 18 сентября 1992 года богадельня была официально утверждена. При храме построили несколько домиков для пожилых людей и организовали хозяйство. Для ухода за старушками на Святую горку приходили молодые сестры, желавшие монашеской жизни. Архимандрит Иоанн Крестьянкин из Псково-Печерского монастыря благословил создание женской общины.

В 1996 году Священный Синод Русской Православной Церкви благословил восстановление Казанской Трифоновой женской пустыни при Всехсвятской церкви в поселке Верхне-Чусовские Городки. Настоятельницей монастыря стала монахиня Ксения Ощепкова, а духовником, игумен Савватий Рудаков.

В 1998 году началась реконструкция храма: его расширили, добавив новый алтарь и теплый притвор, восстановили колокольню и восьмерик. Также заново отстроили на старом фундаменте Святые врата и ограду.

Епископ Пермский и Соликамский Иринарх трижды посещал пустынь. 4 мая 2003 года он освятил престол.

Главная святыня обители, чудотворная икона Божией Матери Казанская. По преданию, в XVIII веке местные жители нашли её в водах лесного источника близ деревни Заболотье, в пяти километрах от Верхне-Чусовских Городков. Крестьяне принесли икону в приходской храм Рождества Христова, но на следующий день она исчезла и вновь была найдена на источнике. Это повторилось трижды, после чего над источником построили часовню для хранения иконы. В годы гонений на Православие икона чудом сохранилась и была принесена во Всехсвятский храм. Вода из источника, где была найдена икона, известна своей целебной силой, и зафиксировано множество случаев исцеления.

Обитель также носит имя святого преподобного Трифона Вятского, который более 400 лет назад основал здесь Успенский мужской монастырь, упразднённый при Екатерине II. Преподобный Трифон почитается как просветитель и покровитель этих мест. Близ села Успенка, где он жил, также есть чудотворный источник с целебной водой.

С 1955 по 1981 год на Святой горке жил праведный старец, отец Николай Рогозин. Более 20 лет он был настоятелем Всесвятской церкви в Чусовских Городках. На перенесении его останков в августе 2001 года присутствовало более 1000 человек.

Источник Святого Николая Чудотворца находится на берегу реки Усолка, рядом с монастырем. Икона Святого Николая Чудотворца была принесена в Всехсвятскую церковь из храма в Старых Лядах, где её почитали как чудотворную. Распятие из Свято-Николаевского Белогорского монастыря было принесено верующими в годы гонений.