Согласно преданиям, в реке Каменке, над которой сейчас возвышается монастырь, в 990 году князь Владимир Красное Солнышко крестил жителей Суздаля. До XVII века монастырь был деревянным. В 1692 году началось строительство собора с тремя главами, которое из-за бедности монастыря длилось семь лет. Васильевский собор задумывался как трехглавый, что подтверждается сохранившимися под кровлей основаниями двух дополнительных барабанов. Однако неизвестно, были ли возведены все три главы, а затем две из них разрушены, или изначально собор пришлось строить как одноглавый из-за недостатка средств.

В XIX веке к собору пристроили трехъярусную колокольню, несколько приземистую, украшенную пилястрами и резными карнизами, соединенную с храмом небольшой трапезной. Рядом находится трапезный храм Сретения Владимирской иконы Божьей Матери, который выделяется редким для Суздаля восьмискатным покрытием кровли. Указ 1764 года, лишивший монастырь вотчин, оставил его без государственного содержания. В 1899 году монастырь был приписан к Ризоположенскому монастырю и преобразован в женский. Закрытый в 1923 году, он использовался для народно-хозяйственных нужд, а в 1950-х годах был отреставрирован. 31 января 1995 года была вновь зарегистрирована община мужского Васильевского монастыря. После вывода складов монахам пришлось строить новое жилье, так как келейный корпус и дом настоятеля оставались заняты горожанами.