Según las leyendas, en el río Kamenka, sobre el cual se eleva actualmente el monasterio, en el año 990 el príncipe Vladimir el Sol Rojo bautizó a los habitantes de Suzdal. Hasta el siglo XVII, el monasterio era de madera. En 1692 comenzó la construcción de la catedral con tres cúpulas, que debido a la pobreza del monasterio duró siete años. La catedral de San Basilio fue concebida como de tres cúpulas, lo que se confirma con las bases de dos tamboriles adicionales que se han conservado bajo el techo. Sin embargo, no se sabe si se levantaron las tres cúpulas y luego dos de ellas fueron destruidas, o si originalmente la catedral tuvo que construirse como de una sola cúpula debido a la falta de fondos.

En el siglo XIX se añadió a la catedral un campanario de tres niveles, algo bajo, decorado con pilastras y cornisas talladas, conectado al templo por un pequeño refectorio. Junto a él se encuentra el templo refectorio de la Presentación de la Virgen María de Vladimir, que se destaca por su inusual cubierta de techo a ocho aguas, rara en Suzdal. El decreto de 1764, que privó al monasterio de sus propiedades, lo dejó sin apoyo estatal. En 1899, el monasterio fue anexado al monasterio de Rizopolozhensky y transformado en uno femenino. Cerrado en 1923, fue utilizado para necesidades económicas, y en la década de 1950 fue restaurado. El 31 de enero de 1995, se registró nuevamente la comunidad masculina del monasterio de San Basilio. Tras la salida de los almacenes, los monjes tuvieron que construir nuevas viviendas, ya que el edificio de celdas y la casa del abad seguían ocupados por ciudadanos.