Точные сведения о времени основания Ржищевского Спасо-Преображенского монастыря отсутствуют. Известно, что он был разрушен во время татарского нашествия, но к XV веку уже действовал как мужской монастырь.

В XV-XVI веках Ржищевский Преображенский монастырь упоминался наряду с известными киевскими обителями, основанными в эпоху Крещения Руси.

В конце XVI и начале XVII века крымские татары совершали набеги на Киевщину, что привело к опустошению и разрушению монастыря, который долгое время оставался пустым.

В 1649 году Вороничи, владельцы Ржищева и окрестностей, подтвердили владения монастыря, включая село Балыки с угодьями, полями, лесами, лугами и пасеками. В грамоте 1649 года упоминается, что предки Воронич были учредителями монастыря.

Во время Руины монастырь был вновь разорен. Митрополит Гедеон-Святополк Четвертинский, гетман Иван Мазепа и гетман Иван Скоропадский поддержали его возрождение, подтвердив его владения.

После возвращения Киевщины к полякам, монастырь пережил много трудностей. Вороничи, принявшие католичество, основали в XVIII веке в Ржищеве католический монастырь, забрав у православного Преображенского монастыря все его владения, что привело к его упадку.

В XIX веке Ржищевский Преображенский монастырь был самым бедным в Киевской епархии. В 1852 году он стал женским благодаря первой игуменье Юлии Янохтовий, которая пожертвовала все свое имущество на его обустройство, что способствовало возрождению монастыря.

В 1920-е годы монастырь был разорен, хотя, по воспоминаниям местных жителей, монахини и послушницы жили там еще в 30-е годы. Последний документ монастыря, датированный 1924 годом, содержит список принятых послушниц.

Изначально в монастыре была одна церковь в честь Преображения Господня. В XVIII веке храм был настолько беден, что имел соломенную крышу. Новый храм был построен благодаря усилиям ктитора Симеона Головинского.

Во время путешествия по Днепру императрица Екатерина II посетила монастырь и пожертвовала 50 червонцев. На эти средства игумен Гервасий 2 сентября 1787 года начал строительство церкви во имя святой великомученицы Варвары и Екатерины, освященной 24 ноября 1788 года.

Около 1910 года при покоях игуменьи была построена домовая церковь во имя Всех Святых.

Перед закрытием мужского монастыря в нем было около 30 монахов. В женском монастыре при игуменье Юлии насчитывалось 60 насельниц, а в 1908 году, 70 монахинь и 213 послушниц.

При игуменье Юлии был установлен строгий порядок монашеской жизни, который соблюдался до разрушения монастыря в советское время.

До 1917 года монастырь владел 34 десятинами пахотной земли и участками леса.

Расположенный на живописной холмистой местности над Днепром, в начале ХХ века монастырь привлекал множество паломников, особенно из Киева, которые посещали его в выходные дни.

В 1995 году монастырь был возрожден, хотя от него сохранились лишь несколько чудом уцелевших икон, фрагмент трапезной и монастырского управления.