Спасо-Преображенская церковь была одной из старейших в Саратове. Её строительство началось в конце XVII века после возвращения Саратова на правый берег Волги в 1674 году и переноса сгоревшего Четырёхсвятского монастыря в город в 1693 году. Монастырь разместился у подножия Соколовой горы, и его главным храмом стала церковь во имя Преображения Господня. Она была каменной, с левым приделом, посвящённым московским святителям Петру, Алексию, Ионе и Филиппу. В 1764 году монастырь получил название Спасо-Преображенского. После пожара 21 июня (3 июля) 1811 года монастырь перенесли за город, а церковь восстановили как приходскую на средства купца Хрисанфа Образцова. В 1825 году архимандрит Арсений освятил придел четырёх святителей, а 14 (26) июня 1829 года епископ Моисей освятил главный престол Преображения Господня.

В 1868 году на средства церковного старосты Щеголькова в храме начали обустраивать новый придел в память спасения Александра II после покушения в Париже 25 мая (6 июня) 1867 года. Придел во имя Иоанна Крестителя освятил 29 ноября (11 декабря) 1870 года местный благочинный Смирновский. В конце 1870-х годов приход церкви насчитывал 324 двора и около 3285 прихожан.

Старый храм стал тесным и ветхим, поэтому в 1886 году губернский инженер-архитектор Шустер разработал проект капитального ремонта и расширения здания. Проект включал реконструкцию колокольни и две пристройки к главному храму и алтарю, в которые вели четыре арки. Внутри здание окрасили масляной краской, а алтари расписали священными картинами. Первые шесть тысяч рублей на реконструкцию пожертвовала семья Щегольковых. Работы начались 14 (26) июня 1886 года и завершились 16 (28) ноября 1897 года освящением перестроенных приделов.

К началу XX века в приходе насчитывалось около 600 домов и 2500 верующих. Штат причта включал двух священников, диакона и двух псаломщиков, для которых были построены церковные дома. При храме работала церковно-приходская школа.

В советское время Спасо-Преображенская церковь была закрыта и разрушена. Сейчас на её месте находится институт усовершенствования учителей.