Первым значительным архитектурным сооружением в Екатеринодаре стал войсковой Воскресенский собор, расположенный в центре крепостной площади. Его строительство длилось три года, с октября 1799 по октябрь 1802 года. Первоначально планировалось возвести храм из кирпича, но из-за нехватки средств было решено использовать дерево. В апреле 1799 года в Дубовке на Волге закупили три тысячи сосновых брёвен, которые сначала доставили в станицу Качалинскую, а затем, с большими трудностями и затратами, в Екатеринодар.

8 октября 1799 года черноморское войсковое правительство заключило контракт с сотниками Войска Донского Фёдором Гусельщиковым и Степаном Николаевым на строительство деревянной соборной церкви. 5 октября 1802 года собор с престолом во имя Воскресения Господня был освящён. Работы над иконостасом продолжались несколько лет, и до их завершения использовался временный иконостас из походного храма Троицы Живоначальной.

Девять колоколов для собора были отлиты в Херсоне на заводе купца Струговщикова из старых турецких медных пушек и мортиры. Самый большой колокол весил 440 пудов, а самый маленький, 21 фунт. В 1795 году их доставили в Тамань, а затем по реке в Екатеринодар, где казаки приволокли их в крепость на деревянных катках.

Согласно договору, храм должен был быть крестообразным, длиной и высотой 50 аршин, с колокольней длиной и шириной 18 аршин и высотой, соответствующей архитектурной пропорции. Храм планировалось построить с использованием лучших плотницких и столярных работ в течение года. Черноморцы обязались отвезти рабочих в Кущевку после завершения строительства. Строители запросили за свою работу 10 тысяч рублей. За процессом следили главный мастер Толстоухов и есаул Моренко, который был опытным строителем. Однако строительство заняло больше времени, чем планировалось.

Для создания иконостаса, завершённого в 1807 году, сотник Планкевич приобрёл необходимые материалы в Москве, а мастеров нашёл среди кубанцев. Студент Емельян Иванчин разработал оригинальный план иконостаса, Иван Слезнев вырезал узоры на дереве, Фёдор Фёдоров грунтовал доски, а художник Никифор Чеусов их расписывал. Работа получилась великолепной. Самые ценные украшения храма составляли старинные предметы из казацкой Свято-Троицкой церкви и Межигорского монастыря, возвращённые черноморцам после разрушения Запорожской Сечи.

Архитектура Воскресенского собора отражала черты украинского барокко, сохраняя древнерусские традиции. Храм был столпным, шестиглавым, с колокольней в одном из столпов, и имел форму латинского креста. Каждый из шести восьмигранных столпов был трёхъярусным, с железной кровлей и луковичной главкой. Кресты и главки были вызолочены, а кровля покрыта медной краской.

Исследователь Н.В. Султанов отмечал, что форма собора сохранялась в деревянном зодчестве южной России. Подобные формы были характерны для храмов запорожского и донского казачества. Воскресенский собор имел сходство с другими соборами, такими как Свято-Троицкий собор в Новомосковске и Воскресенский собор в Черкасске.

После освящения в 1872 году нового Александро-Невского собора, Воскресенский собор утратил статус главного храма Черноморского казачьего войска и был разобран в 1876-1879 годах из-за ветхости.