Свято-Троицкий храм в Новороссийске обладает богатой историей, начавшейся в 1893 году с возведения деревянной церкви в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». При церкви были открыты церковно-приходские училища для мужчин и женщин. В 1900 году, когда зацемесская сторона стала частью Новороссийска, церковь оказалась слишком мала для всех прихожан. С 1899 года начался сбор средств на строительство нового здания. В 1901 году на строительство каменной церкви было выделено 1000 рублей из монарших средств.

10 декабря 1906 года состоялось торжественное освящение главного престола в честь Святой Троицы. Храм был построен из тесаного песчаника и камня-дикаря, всего использовали более 150 кубометров. Здание было оштукатурено только изнутри, и его светло-серые стены издали казались белыми. Крест на колокольне возвышался почти на тридцать метров. Церковь была видна не только из любой точки города, но и с моря, служа ориентиром для моряков.

Храм имел главный престол Троицкий и Скорбященский придел, поэтому его называли Троице-Скорбященским. Поскольку в документах он часто упоминается как собор, службы вели несколько священников. Известны имена священников, служивших с 1912 года: Иоанн Судницкий, Николай Соболев, Александр Бобров, Петр Добров, Николай Дейниковский, Дионисий Курбатов, Василий Перепелица, Петр Отдельнов.

В 1938 году службы в храме прекратились и возобновились только в сентябре 1942 года, после оккупации Новороссийска немецко-фашистскими войсками. Прихожане молились о победе России, а подпольщики распространяли среди них листовки. Вскоре после Пасхи того же года немецкое командование приказало приостановить богослужения, чтобы защитить население от большевистских обстрелов. В 1945 году здание храма превратили в склад воинской части.

В 1951 году было принято решение разобрать здание Свято-Троицкого храма из-за его аварийного состояния. В 1957 году его взорвали, а в 1963 году на этом месте построили первый в городе широкоформатный кинотеатр «Родина».