Собор, посвященный святому пророку Иоанну Предтече, в Иоанно-Мариинском монастыре был разрушен в 1930-е годы. Его строительство началось в 1848 году на средства Кавказского попечительства о бедных духовного звания, личные средства первого епископа Ставропольского Иеремии (Соловьева) и пожертвования других благотворителей.

Со временем церковь была расширена.

В 1930-е годы собор и три других монастырских храма были полностью разрушены.

Здание храма в честь святой мученицы Серафимы сохранилось, хотя и в сильно измененном виде. В нем, как и в большинстве других монастырских построек, до сих пор располагается филиал краевой психиатрической клиники, несмотря на то что решение о возвращении Иоанно-Мариинского монастыря было принято еще в 1991 году. С тех пор это решение неоднократно подтверждалось городскими и краевыми властями, однако его реализация началась только в 2004 году. На сегодняшний день монастырю передана часть одного из корпусов, где разместились сестры обители и несколько небольших хозяйственных помещений.