В мае 1871 года великий князь Михаил Николаевич, посетивший Черноморский округ как наместник Кавказа, предложил построить постоянный православный храм на Даховском посту. Закладка храма, который планировался как двухпрестольный, с посвящениями престолов Михаилу Архангелу и Марии Магдалине, состоялась 26 мая 1874 года на месте бывшего Навагинского укрепления в центре Даховского поста. 24 сентября 1891 года епископ Сухумский Агафодор (Преображенский) освятил храм, построенный в эклектическом стиле по проекту московского архитектора А. С. Каминского, в честь святого архистратига Михаила.

В 1934 году Михайловский храм был закрыт, а его здание передали Сочинскому курортному управлению для использования в качестве склада. Богослужения возобновились 2 ноября 1943 года. Силами прихожан храм был отремонтирован, восстановлены купол с крестом и шатёр колокольни. В 1947 и 1948 годах Патриарх Московский и всея Руси Алексий I, отдыхая и лечась в Сочи, неоднократно посещал храм и молился в алтаре во время архиерейских богослужений, которые проводили епископ Краснодарский и Кубанский Флавиан (Иванов) и митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков).

В 1981 году здание храма было признано памятником архитектуры. В ходе реставрации, проведённой в 1992 и 1994 годах по проекту сочинского архитектора Ф. И. Афуксениди, храму вернули его первоначальный облик. 19 декабря 1995 года епископ Майкопский и Армавирский Филарет (Карагодин) заложил рядом с храмом крестильную церковь, освящённую 12 мая 2008 года митрополитом Екатеринодарским и Кубанским Исидором (Кириченко) в честь Пресвятой Богородицы и её иконы «Иверская».

В 2007 и 2008 годах была проведена очередная реставрация Михайловского храма. В её рамках была построена и освящена 21 ноября 2008 года водосвятная часовня-киворий в честь Пресвятой Богородицы и её иконы «Живоносный Источник». 23 ноября 2011 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор освятил памятник последнему русскому императору Николаю II, установленный в нескольких метрах от южного фасада храма.