En mayo de 1871, el gran duque Miguel Nikoláyevich, quien visitó el distrito del Mar Negro como gobernador del Cáucaso, propuso construir un templo ortodoxo permanente en el puesto de Dajov. La colocación de la primera piedra del templo, que se planeaba como de dos altares, dedicados a San Miguel Arcángel y María Magdalena, tuvo lugar el 26 de mayo de 1874 en el sitio de la antigua fortaleza de Navaguinsk en el centro del puesto de Dajov. El 24 de septiembre de 1891, el obispo de Sujum, Agafodor (Preobrazhenski), consagró el templo, construido en estilo ecléctico según el proyecto del arquitecto moscovita A. S. Kaminski, en honor al santo arcángel Miguel.

En 1934, la iglesia de San Miguel fue cerrada y su edificio fue entregado a la administración de balnearios de Sochi para su uso como almacén. Los servicios religiosos se reanudaron el 2 de noviembre de 1943. Con el esfuerzo de los feligreses, la iglesia fue reparada, se restauró la cúpula con la cruz y el campanario. En 1947 y 1948, el Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexio I, quien descansaba y se recuperaba en Sochi, visitó la iglesia en varias ocasiones y oró en el altar durante los servicios religiosos archidiocesanos, que fueron oficiados por el obispo de Krasnodar y Kuban, Flaviano (Ivanov), y el metropolitano de Leningrado y Novgorod, Gregorio (Chukov).

En 1981, el edificio de la iglesia fue reconocido como monumento arquitectónico. Durante la restauración, llevada a cabo en 1992 y 1994 según el proyecto del arquitecto sochino F. I. Afuksénidi, la iglesia recuperó su apariencia original. El 19 de diciembre de 1995, el obispo de Maikop y Armavir, Filaret (Karagodin), colocó junto a la iglesia una iglesia bautismal, consagrada el 12 de mayo de 2008 por el metropolitano de Ekaterinodar y Kuban, Isidoro (Kirichenko), en honor a la Santísima Virgen María y su ícono "Iverskaya".

En 2007 y 2008, se llevó a cabo otra restauración de la iglesia de San Miguel. En el marco de esta, se construyó y consagró el 21 de noviembre de 2008 una capilla de agua en honor a la Santísima Virgen María y su ícono "Fuente de Vida". El 23 de noviembre de 2011, el metropolitano de Ekaterinodar y Kuban, Isidoro, consagró un monumento al último emperador ruso, Nicolás II, instalado a unos metros de la fachada sur de la iglesia.