Михаило-Архангельская церковь, предположительно построенная в 1854 году на Михайловской площади, была деревянной и скромной по внешнему виду. Она получила свое название в честь небесного покровителя основателя города М.С. Воронцова. В июне 1860 года началось строительство каменного собора во имя святого Архистратига Михаила по проекту князя Гагарина. Подрядчиками выступили Камышов и Дубенский, а за строительством следил специальный комитет под руководством полковника Э. Сальстета. Этот собор был возведен в память о светлейшем князе М.С. Воронцове, основателе города.

Строительство собора завершилось осенью 1865 года, а в декабре он был освящен. Пятиглавый собор в византийском стиле имел три алтаря и приделы в честь Успения Пресвятой Богородицы и апостола Иоанна Богослова. Его размеры составляли 20 сажень в длину, 13,5 сажень в ширину и 20 сажень в высоту. Это был самый величественный собор на севере Кубанской области. В 1890 году была достроена колокольня, самый большой колокол которой весил 508 пудов.

С 1867 года при соборе действовала приходская школа. В 1878 году на средства купца Афанасия Болгова было построено здание церковно-приходской школы. Среди благотворителей собора были ейские купцы: Афанасий Болгов, Алексей и Афанасий Пишковы, Роман Салогуб, Федот Лопата и другие.

В 1922 году, во время изъятия церковных ценностей, епископ Ейский Евсевий, впоследствии причисленный к лику святых новомучеников, распорядился бить в набат, что привело к столкновениям верующих с властями. Некоторые верующие, включая епископа Евсевия, были осуждены. В 1932 году с собора сняли купола, а на крыше устроили танцплощадку. В 1938 году собор был полностью снесен, сохранилась только сторожка, где разместилась библиотека.

В 1990-е годы началось восстановление Свято-Михаило-Архангельского храма на месте библиотеки. Первые богослужения состоялись в 1997 году, а в начале XXI века неподалеку были построены храм во имя святой блаженной Ксении Петербургской, часовня во имя святой блаженной Матроны Московской и Дом Милосердия для престарелых.