В 1799 году на Новом городском кладбище в Белгороде на средства прихожан была возведена Свято-Никольская кладбищенская часовня. В 1867 году в часовне расширили алтарь и добавили приделы. В церкви тогда было четыре престола: главный, посвящённый святителю Николаю; в южном приделе, святому мученику Харлампию; в северном приделе, святому преподобному Иоанну Многострадальному, затворнику Печерскому; в трапезной с южной стороны, в честь Рождества Иоанна Предтечи.

В 1962 году в Белгороде был закрыт Преображенский собор, и старинный иконостас XIII века из него был перенесён в кладбищенский храм, где находится и по сей день. С этого времени до 1990 года храм служил кафедральным Иоасафовским собором Белгорода.

В 1990 году кафедра была перенесена в вновь открытый для прихожан Преображенский собор, а Иоасафовский собор стал называться Николо-Иоасафовским. В настоящее время в соборе два престола: главный, в честь святителя и чудотворца Николая, архиепископа Мир Ликийских, и в южном приделе, в честь святителя Иоасафа Белгородского.