В 1530 году по просьбе великого князя московского Василия III Иоанновича преподобный Корнилий вернулся в Комельский монастырь, благословив преподобного Геннадия возглавить собравшуюся братию и заняться строительством храма. Вскоре, вероятно на средства великого князя Василия, был возведён деревянный летний храм в честь Преображения Господня. В 1644-1647 годах игумен Филарет построил кирпичный двустолпный пятикупольный трёхапсидный храм, в южной апсиде которого находился Благовещенский придел. В 1805 году была сооружена трапезная с приделами в честь Корнилия Комельского и Геннадия Любимоградского, а в 1846 году добавлен южный Сергиевский придел. Монастырь был закрыт в 1928 году, а в 1960-х годах трапезная и приделы были разрушены. Находясь в аварийном состоянии, в настоящее время он проходит реставрацию.