Огромный Богоявленский собор сохраняет свое значение в современной Москве. Хотя монастыря как такового уже нет, и вокруг появились новые здания, собор все еще возвышается в Китай-городе, претендуя на центральное место. Его мощный купол видно из Замоскворечья, и он может соперничать даже с Покровским собором на Красной площади.

Богоявленский монастырь считается одним из древнейших в Москве: основан первым московским князем Даниилом Александровичем в 1296 году, старше него только Данилов монастырь. Первоначально все здания были деревянными, но в 1342 году на средства боярина Протасия построили первый каменный собор Богоявления. В дальнейшем все перестройки основывались на этом здании: в 1571 году после нашествия крымского хана Девлет-Гирея, затем в 1624 году после Смутного времени. В 1693-1695 годах на фундаментах старого собора возвели существующее здание, которое позже обновлялось, но структура осталась прежней.

Богоявленский собор, выполненный в стиле нарышкинского барокко, ориентирован по вертикали: на четверик поставлен восьмерик, увенчанный вытянутым барабаном с восьмигранной главой. Фасады богато украшены белокаменной резьбой, особенно выделяются крупные наличники окон с фигурными колонками и гребнями. Грани восьмерика также украшены гребнями, а углы четверика, стилизованными вазами. Верхняя половина четверика прорезана с севера и юга двойными окнами, окна подклета меньше и декорированы скромнее, но тоже в стиле нарышкинского барокко. Трапезная и четверик соединены широкой галереей, на которой позже появились дополнительные приделы. Над западным входом построена колокольня со шпилем. В интерьере выделяются крупные скульптурные композиции "Коронование Богоматери", "Рождество" и "Крещение".

В нижнем храме, освященном во имя Казанской иконы Божией Матери, ранее находился обширный некрополь с усыпальницами знатных родов России, таких как Голицыны, Шереметевы, Долгоруковы, Салтыковы и другие. Собор сильно пострадал в пожаре 1812 года: от взрыва в Кремле лопнули железные связи, вылетели стекла и рамы, крест на колокольне согнулся. В последующие годы здание было восстановлено.

Богоявленский монастырь был также центром просвещения в России XVII века. В 1685 году в нем поселились ученые-монахи из Греции, братья Софроний и Иоанникий Лихуды, основавшие здесь школу, где преподавали греческий язык и другие науки. В 1687 году школа переехала в соседний Заиконоспасский монастырь и стала Славяно-греко-латинской академией, первым высшим учебным заведением в России.

Кроме собора, в монастыре были две надвратные церкви: первая, во имя Рождества Иоанна Предтечи, была разобрана в 1905 году для строительства доходного дома на Никольской улице; вторая, Спаса Нерукотворного Образа, утрачена в начале 1920-х годов после закрытия монастыря.

Богослужения в соборе прекратились после революции, его убранство сильно пострадало, а сам он использовался как общежитие, производственные помещения и репетиционный зал. Некоторые надгробия из нижнего храма и подклета были перенесены в Донской монастырь, который тогда принадлежал Музею архитектуры.

Во время Великой Отечественной войны собор едва не был уничтожен: рядом с ним упал немецкий бомбардировщик, разрушив стоявшие здания и лишив собор главы с барабаном. После войны территория была застроена массивным зданием в стиле сталинского ампира.

С 1991 года началось постепенное возрождение Богоявленского собора. Монастырская жизнь не была восстановлена, и собор действует как приходская церковь. В 2007 году перед алтарем собора в Богоявленском переулке установили памятник братьям Лихудам.