La grande cathédrale de l'Épiphanie conserve son importance dans la Moscou moderne. Bien que le monastère en tant que tel n'existe plus et que de nouveaux bâtiments aient émergé autour, la cathédrale s'élève toujours dans la Chine-Cité, revendiquant une place centrale. Son puissant dôme est visible depuis Zamoskvorechye, et il peut rivaliser même avec la cathédrale de la Protection sur la Place Rouge.

Le monastère de l'Épiphanie est considéré comme l'un des plus anciens de Moscou : fondé par le premier prince de Moscou, Daniel Alexandrovitch, en 1296, il n'est devancé que par le monastère de Danilov. À l'origine, tous les bâtiments étaient en bois, mais en 1342, grâce aux fonds du boyard Protasiy, la première cathédrale en pierre de l'Épiphanie fut construite. Par la suite, toutes les reconstructions furent basées sur ce bâtiment : en 1571, après l'invasion du khan de Crimée Devlet-Girey, puis en 1624 après le Temps des troubles. Entre 1693 et 1695, sur les fondations de l'ancienne cathédrale, le bâtiment actuel fut érigé, qui fut par la suite rénové, mais la structure resta inchangée.

La cathédrale de l'Épiphanie, réalisée dans le style baroque de Narychkine, est orientée verticalement : un octogone est posé sur un carré, surmonté d'un tambour allongé avec une coupole octogonale. Les façades sont richement ornées de sculptures en pierre blanche, avec des encadrements de fenêtres particulièrement remarquables, dotés de colonnes sculptées et de crêtes. Les arêtes de l'octogone sont également décorées de crêtes, et les angles du carré, de vases stylisés. La moitié supérieure du carré est percée au nord et au sud de fenêtres doubles, les fenêtres du sous-sol sont plus petites et décorées de manière plus modeste, mais toujours dans le style baroque de Narychkine. La réfectoire et le carré sont reliés par une large galerie, sur laquelle des chapelles supplémentaires furent ajoutées par la suite. Au-dessus de l'entrée ouest, une cloche avec un clocher fut construite. À l'intérieur, on distingue de grandes compositions sculpturales telles que "Le Couronnement de la Vierge", "La Nativité" et "Le Baptême".

Dans le bas-couvent, consacré au nom de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu, se trouvait auparavant un vaste nécropole avec des sépultures de familles nobles de Russie, telles que les Golitsyn, les Sheremetev, les Dolgoroukov et les Saltykov. La cathédrale a beaucoup souffert lors de l'incendie de 1812 : à cause d'une explosion au Kremlin, les liens en fer ont éclaté, les vitres et les cadres ont volé en éclats, et la croix sur le clocher s'est courbée. Dans les années suivantes, le bâtiment a été restauré.

Le monastère de l'Épiphanie était également un centre d'éducation en Russie au XVIIe siècle. En 1685, des moines savants de Grèce, les frères Sophrony et Ioanniki Likhudy, s'y installèrent, fondant une école où ils enseignaient la langue grecque et d'autres sciences. En 1687, l'école déménagea au monastère voisin de Zaikonospassky et devint l'Académie slavono-grecque-latine, le premier établissement d'enseignement supérieur en Russie.

En plus de la cathédrale, le monastère avait deux églises de porte : la première, au nom de la Nativité de Jean-Baptiste, fut démolie en 1905 pour construire un immeuble locatif sur la rue Nikolskaya ; la seconde, de l'Image Non-Faite du Sauveur, fut perdue au début des années 1920 après la fermeture du monastère.

Les services dans la cathédrale ont cessé après la révolution, son décor a beaucoup souffert, et elle a été utilisée comme dortoir, locaux de production et salle de répétition. Certaines tombes du bas-couvent et du sous-sol ont été transférées au monastère de Don, qui appartenait alors au Musée d'architecture.

Pendant la Grande Guerre patriotique, la cathédrale a failli être détruite : un bombardier allemand est tombé à proximité, détruisant les bâtiments environnants et privant la cathédrale de sa coupole avec tambour. Après la guerre, le territoire a été construit avec un bâtiment massif dans le style de l'Empire stalinien.

Depuis 1991, un renouveau progressif de la cathédrale de l'Épiphanie a commencé. La vie monastique n'a pas été restaurée, et la cathédrale fonctionne comme une église paroissiale. En 2007, un monument aux frères Likhudy a été installé devant l'autel de la cathédrale dans la ruelle de l'Épiphanie.