Богоявленский собор в Енисейске является значимым объектом для исследователей сибирского каменного зодчества XVIII века. Несмотря на множество публикаций, его строительная история остается во многом неясной. В литературе существует мнение, что каменный собор строился дважды: сначала в 1709-1712 годах, а затем после пожара 1732 года. Исследователи считают, что сохранившиеся руины относятся ко второму собору, и вопрос о первоначальном облике собора 1709-1712 годов ранее не поднимался.

Такое положение дел связано с тем, что авторы публикаций опирались на документы XIX века, не соотнося их с источниками XVIII века, графическими изображениями и результатами натурных исследований. Однако комплексный анализ этих источников позволяет уточнить периодизацию строительства и приблизиться к пониманию его первоначальных форм.

Собор был заложен в 1709 году на берегу Енисея, внутри укреплений "малого острога". Строительство финансировалось прихожанами и дворянами Семеном и Епифаном Надеиными, а возглавлял работы московский подмастерье Федот Меркурьевич Чайка. Здание было завершено в 1712 году.

Документы первой четверти XVIII века упоминают это здание. Материалы экспедиции Миллера 1734-1735 годов опровергают легенду о его гибели в пожаре 1732 года и дают представление о его архитектуре благодаря гравюре Е.А. Федосеева 1770 года.

Собор относился к типу русской трапезной церкви, распространенной в начале XVIII века в Сибири. Он имел индивидуальные черты, несмотря на общие типологические связи с другими постройками Урала и Сибири. Архитектурный тип "восьмерик на четверике" сочетался с широкой трапезной, включавшей северный придельный храм Сергия Радонежского. Это восходит к бесстолпным храмам Москвы XVII века.

В отличие от пятиглавых композиций, собор завершался одноглавием, что было характерно для сибирского зодчества первой половины XVIII века. Украинизирующие черты в его архитектуре объясняются влиянием украинских церковных иерархов в Сибири.

Барочная форма кровли восьмерика, возможно, была заимствована у Троицкого собора в Тюмени. Недавно обнаруженный рисунок собора в тобольском архиве помогает изучить его архитектурную композицию.

Форма барабанов глав собора, с мотивами европейского барокко, и завершение колокольни высоким шпилем свидетельствуют о проникновении барочных мотивов в архитектуру Енисейска. Это укрепило роль собора в иерархии храмов города.

Собор существовал в таком виде до 1930-х годов, когда его храмовая часть и венчание колокольни были разобраны. До наших дней сохранилась трапезная с придельными храмами и колокольня с палатками XIX века. Изучение кирпичной кладки подтверждает изменения в архитектурном облике, зафиксированные иконографическими источниками.

Таким образом, комплексное изучение источников и натурное исследование позволяют заключить, что Богоявленский собор сохранил часть своих первоначальных форм, относящихся к первому строительному периоду 1709-1712 годов. Это расширяет наши знания о раннем этапе сибирского каменного зодчества и особенностях "енисейской школы".