Начало деревни Саломатная, расположенной на берегу одноименного озера, было положено зимовьем с таким же названием. Оно, вероятно, появилось по указу властей и находилось на пути к Ново-Ишимской оборонительной линии. Датой основания зимовья называют либо 1758, либо 1765 год. Основателем деревни был крестьянин Григорий Афанасьевич Казанцев, но откуда он переселился с семьей, неизвестно.

Изначально деревня Саломатная входила в состав Курганской слободы, а с образованием в 1782 году Курганского уезда стала частью Сычевской волости. В 1840-х годах в деревню переселились жители из центральных губерний России, образовавшие отдельный поселок, что значительно увеличило численность населения.

С открытием в 1869 году Саломатовской волости возникла необходимость в священнике. С 1878 года начали вестись метрические книги при Саломатовской церкви, и в том же году к приходу была присоединена часть жителей из Лопатинского хутора. К 1924 году приход включал село Саломатовское и деревни Банникова, Белянина, Копай (1-й и 2-й Копай), а также часть жителей деревень 1-я Дундина и Булдак. Вероятно, в таком составе приход существовал до его закрытия Челябинским облисполкомом в 1936 году.

В 1872 году прихожане приобрели в селе Чашинском старую деревянную церковь, чтобы установить ее в Саломатовском. Планировалось сохранить старый фасад, но внести изменения: установить стены на кирпичном фундаменте, обшить их тесом, добавить новое крыльцо с колоннами и перилами, а также прорубить дверь и окна с решетками.

К началу XX века Саломатовский приход вырос настолько, что старая церковь не вмещала всех прихожан и нуждалась в замене. С 1902 года было разрешено собирать средства на строительство нового каменного храма. В 1915 году был завершен черновой вариант храма во имя Святой Троицы. В 1919 году он еще не был полностью отделан, а освящение состоялось, вероятно, в 1923 году.

Церковь прекратила действовать в 1930 году, в 1934 году был запрещен звон колоколов, а в 1936 году она была окончательно закрыта. К 1947 году здание лишилось окон и части крыши, церковная утварь не сохранилась. Впоследствии в церкви располагался зерносклад. Несмотря на это, здание Свято-Троицкой церкви в селе Саломатовском сохранилось и является объектом культурного наследия Курганской области.