Здание гимназии, выполненное в стиле русского классицизма, было возведено в 1810 году по проекту губернского архитектора В. И. Суранова как особняк купца Ф. В. Котенева. Появление столь роскошного строения на старой торговой площади, где преобладали ветхие деревянные лавки, побудило губернатора А. Д. Панчулидзева заняться её благоустройством и убрать базарные постройки.

Позже особняк перешёл к винному и соляному откупщику М. А. Устинову, который в 1829 году продал его Святейшему Синоду. С 1830 года на первом этаже разместилось духовное училище, а на втором, семинария. В 1885 году для этих учреждений построили новое здание, а в бывшем особняке Котенева спустя два года открылась 2-я мужская гимназия. В 1904 году её сменила 2-е мужское реальное училище имени цесаревича Алексея, названное в честь рождения долгожданного наследника Романовых. В советское время здесь находились трудовая средняя школа 2-й ступени, 20-я мужская и 25-я средняя общеобразовательная школы. На базе последней в 1995 году была создана Русская классическая гимназия.

Расположенная в культурно-историческом центре Саратова, рядом с главной святыней города и в здании бывшей семинарии, гимназия сегодня стремится дать детям знание и понимание православной культуры, традиций, истории и обычаев русского народа. Особое внимание уделяется духовно-нравственному воспитанию школьников. В 2007 году гимназия стала лауреатом Всероссийского конкурса "Школа года", а в 2007 и 2008 годах дважды побеждала в конкурсе общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы в рамках приоритетного национального проекта "Образование". Здание лицея признано памятником истории федерального значения.

В середине XIX века в духовной семинарии, располагавшейся в здании современной гимназии, обучались такие известные личности, как епископ Таврический Гурий (Карпов), епископ Уфимский и Томский Пётр (Екатериновский), епископ Сухумский Александр (Хованский), епископ Аксайский Нестор (Метаниев), педагог и литературовед И. И. Введенский, редактор журналов "Русское слово" и "Дело" Г. Е. Благосветлов, философ и революционер Н. Г. Чернышевский. Фасад здания украшен мемориальными досками в память о его выдающихся выпускниках.