В 1882 году иеромонах Иосаф (Плеханов) приобрел участок земли в Иерихоне, где, по преданию, находилась смоковница, под которой мытарь Закхей встретил Христа. Вскоре на этом месте были обнаружены остатки древнего храма. В 1886 году Иосаф передал эту землю Императорскому Православному палестинскому обществу, которое решило продолжить археологические раскопки.

Раскопки были прерваны в 1914 году из-за начала Первой мировой войны. В дальнейшем участок находился под управлением Британского мандата над Палестиной, Хашимитского королевства Иордания, Израиля и Палестинской национальной администрации. Лишь в 2008 году земля окончательно перешла под управление Императорского Православного палестинского общества. В 2011 году здесь открылся музейно-парковый центр, где, помимо музея, действуют детские кружки и курсы русского языка.

Российский музей в Иерихоне начал свою работу в начале 2011 года. Сам Иерихонский оазис расположен на равнине реки Иордан. С археологической точки зрения, Иерихон представляет собой агломерацию памятников разных эпох и типов, сформировавшихся здесь с мезолита.

В 2010 году Иерихон отпраздновал свое 10-тысячелетие. Название города происходит от древнего слова «яреах», означающего «лунный». В Библии Иерихон упоминается как город пальм, где обилие воды и жара создавали идеальные условия для выращивания этого важного продукта древних цивилизаций. Пресноводные источники и дожди превратили местность в цветущий оазис, способствовавший раннему заселению.

История двухэтажного мраморного здания, где сейчас находится музей, начинается в XIX веке. В 1882 году иеромонах Иосаф прибыл в Иерихон с целью создания русского монастыря для паломников. Участок был приобретен на средства, пожертвованные русской благотворительницей Еленой Резниченковой. Место было выбрано из-за библейского дерева, смоковницы Закхея. В 1884 году Иосаф случайно обнаружил руины древней обители и сообщил об этом члену Совета Императорского Православного Палестинского Общества. В 1891 году археологическая экспедиция под руководством профессора Кондакова определила, что руины относятся к ранневизантийскому периоду.

Иосаф вскоре покинул Палестину, передав участок вице-председателю Императорского Православного Палестинского Общества. Земля несколько раз переходила от одного председателя к другому. После смерти председателя князя С. А. Романова возникли трудности с переоформлением участка на ИППО или российское правительство. 9 июня 2008 года состоялась церемония передачи участка в собственность Российской Федерации.

Спустя несколько месяцев после оформления документов в Иерихон прибыла российская делегация. Археологи осмотрели раскопки и подтвердили их перспективность. Вскоре началось строительство музейного комплекса, а вокруг него был разбит парк. 18 января 2011 года музейно-парковый комплекс в Иерихоне был торжественно открыт.