Койгородский краеведческий музей был официально открыт 23 декабря 1976 года. Идея его создания принадлежит Павлу Прокопьевичу Шарапову, который несколько лет собирал предметы, фотографии и документы, ставшие основой для будущей экспозиции музея.

Сбор экспонатов начался в 1973 году, и материалы собирали по всему Койгородскому району, особенно в селе Кайгородок. Музей открыл свои двери в 1975 году. В 1992 году его передали в ведение отдела культуры Койгородского райисполкома.

В настоящее время музей находится под управлением Управления культуры, физической культуры и спорта администрации муниципального района «Койгородский». Это единственный музей в районе. Площадь здания составляет 290,1 кв. м, из которых 250,1 кв. м отведены под экспозиции и выставки, а 40 кв. м занимают фондохранилища.