В 1862 году началось строительство постоянного каменного храма. К 1867 году был возведён холодный трёхпрестольный храм с примыкающей колокольней. Храм имел форму креста с главным престолом в центре и приделами по бокам. Он был украшен 16 окнами и увенчан крестом, обитым медью и покрытым железом. Епископ Герасим освятил главный престол во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Левый придел был посвящён великомученику Пантелеимону, а правый, святому князю Александру Невскому.

6 октября 1868 года был освящён храм, построенный на средства жителей Бугуруслана, в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость». Этот каменный и тёплый храм не имел колокольни, а колокола размещались на деревянных столбах. В январе 1877 года церковь пострадала от пожара в монастыре, но вскоре была восстановлена и 22 сентября того же года вновь освящена самарским епископом Герасимом.

После пожара 1877 года была построена полукаменная домовая церковь во имя Рождества Иоанна Крестителя, крытая тесом и окрашенная масляной краской по штукатурке. Её освятили 3 февраля 1877 года, но после открытия Свято-Троицкого храма она была упразднена.

В 1893 году самарский епископ Гурий освятил место для закладки нового храма. На средства купца М.Ф. Рожнова в течение шести лет строился новый тёплый каменный трёхпрестольный храм. Он имел 17 глав с позолоченными железными крестами и освещался 32 окнами разной величины. Освящение состоялось в 1899 году. Главный придел был посвящён Святой Троице. Левый придел освятили во имя святителей Митрофана Воронежского, Тихона Задонского, Гурия Казанского и Феодосия Черниговского. Правый придел был посвящён иконе Божией Матери «Скоропослушница» и преподобной Ангелине Сербской.