Строительство монастыря велось в 1697, 1700 годах под руководством П.И. Муромцева. Первая церковь, освященная в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, была деревянной, и монастырь первоначально назывался Благовещенским. В 1720, 1724 годах на ее месте Муромцев построил каменную Благовещенскую церковь с двумя приделами: левым, посвященным четырем московским святителям, Петру, Алексию, Ионе и Филиппу, и правым, во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Последний был освящен первым, что дало церкви и монастырю второе название, Покровские. В 1724 году сюда перевели монахов из упраздненного Успенского монастыря в Подгорье, а в 1764 году, монахов из Соловецкой пустыни. Позже Муромцев пристроил к церкви каменную колокольню с приделом во имя Всех Святых, освященным в 1737 году. В 1846 году на средства Е.А. Столыпиной этот придел был обновлен и переименован в честь святого Александра Невского.

К 1764 году монастырь был окружен каменной оградой размером 70 на 63 саженей и высотой чуть более 3 аршин. В 1780 году в монастыре была одна каменная церковь, а количество других построек менялось с годами. Вокруг церкви располагался сад, а с южной стороны находилось кладбище для монахов. Между западной стеной ограды и рекой Свиягой размещались монастырские огороды.

С момента учреждения в 1832 году самостоятельной Симбирской епархии Покровский монастырь стал Архиерейским домом, а его штат был переведен в Сызранский Воскресенский монастырь. В 1785, 1787 годах был построен деревянный настоятельский дом на каменном фундаменте, где в 1832, 1844 годах проживали симбирские епископы. В этот период в монастыре находилась духовная консистория, а в 1724 году, богадельня для инвалидов, что требует проверки. Возможно, отставные солдаты содержались монастырем, но жили за его пределами, и богадельня для них существовала в 1750-х и 1760-х годах. Первый епископ, Анатолий, в 1836 году устроил при этом доме церковь во имя Святителя Митрофания, Воронежского чудотворца. В 1844 году был приобретен новый Архиерейский дом на Венце, но монастырь продолжал оставаться подворьем Архиерейского дома.

Монастырь был закрыт 3 мая 1932 года, а его здания планировалось использовать для культурно-бытовых нужд рабочих города. По просьбе трудящихся монастырскую церковь предполагалось использовать как склад сельхозмашин, но, по словам старожилов, службы в церкви продолжались и в 1934 году. Монастырь был разрушен до 1934 года, и из всего комплекса сохранились только три постройки и небольшая часть монастырской стены на улице Ульяновской.