Николо-Комаровский скит-подворье появился на карте Астраханской епархии в 2004 году благодаря молитвам и трудам игумена Петра и братии Ивановской обители, получивших благословение от архиепископа Ионы. Этот скит находится в 30 км от обители в Камызякском районе Астраханской области, и добраться до него можно через паромную переправу на реке Старая Волга.

Иоанно-Предтеченский монастырь приобрел полуразрушенный студенческий лагерь и островок, представлявшие собой пустырь с несколькими непригодными для жизни зданиями. Обнеся территорию забором, братия и трудники начали ремонт помещений, а затем восстановление водопровода, электроснабжения и газопровода. После завершения работ бывший лагерь стал называться скитским подворьем монастыря.

В 2004 году, по благословению архиепископа Ионы, началось строительство домовой церкви с колокольней. В бывшем студенческом корпусе объединили несколько комнат для создания храма, который был освящен в честь образа Богородицы "Неупиваемая чаша". Из Серпухова сюда привезли список этой чудотворной иконы. Владыка Иона благословил создание сестричества в новой обители, и первыми монахинями стали мать Анисия Захарова и мать Мария Широбокова. Церковь "Неупиваемая чаша" служит не только скитским, но и приходским храмом. Спустя семь лет звон колоколов новой звонницы собирает прихожан из окрестных деревень на службу.

7 июля 2005 года в истории скита произошло значимое событие: на островке, на холме, был установлен крест, обозначающий место будущей церкви в честь пяти Святителей Московских. Этот крест, которому более ста лет, был снят с одного из куполов кафедрального собора Покрова Пресвятой Богородицы во время его реконструкции и по благословению архиепископа Ионы доставлен в скит.