Невельский историко-краеведческий музей начал свою работу в городе Невельске Сахалинской области 29 июня 1989 года. Его создание связано с инициативой Игоря Павловича Фархутдинова, который в то время занимал должность председателя Невельского городского исполнительного комитета. В 1987 году он предложил открыть в городе краеведческий музей. Первым директором стал Александр Сергеевич Шамраенко. Изначально музейный фонд был небольшим, всего 209 экспонатов, и располагался в двух квартирах на первом этаже жилого дома. Значительную помощь в организации и пополнении фондов оказали археолог и краевед Сергей Валерьевич Горбунов, который передал музею археологические коллекции и этнографические предметы, и Иван Александрович Коваленко, занимавший пост директора музея в начале 1990-х. Он активно занимался просветительской деятельностью и передал музею свои статьи и материалы по краеведению. 29 июня 1989 года музей открыл свои двери для первых посетителей.

На протяжении всего периода становления музея жители района активно поддерживали его, принося предметы, представляющие музейную ценность. Фонд быстро пополнялся экспонатами, связанными с морской фауной, археологией и этнографией корейского населения района.

5 сентября 2014 года музей переехал в новое здание и был открыт как МБУК "Невельский историко-краеведческий музей".

Сегодня музей занимается не только научно-просветительской и культурно-массовой работой, но и издательской деятельностью.