В 1744 году императрица Елизавета Петровна, отправившись в Киев для поклонения мощам Киево-Печерской лавры, пожертвовала Белобережской пустыни две тысячи рублей ассигнациями. На эти средства к 1747 и 1759 годам на Святых воротах пустыни была возведена каменная церковь, посвящённая святым Захарии и Елисавете. Позднее императрица также подарила этому храму потир, дискос, звездицу и лжицу.

Архитектура и отделка надвратной церкви были достаточно простыми. Центральный объём, почти кубической формы, расширялся к западу и востоку за счёт невысоких и примерно равных по размеру трапезной и алтарной частей. Низкий гранёный купол завершался небольшой главкой на маленьком барабане. В конце XIX века внешняя сторона церкви и прилегающая часть ограды были украшены живописью на библейские темы.