В северной стене каменной ограды Спасо-Прилуцкого монастыря расположен бывший главный въезд в обитель, известный как Святые ворота, с небольшой надвратной церковью Вознесения Господня. Эта церковь была построена вскоре после соборного Спасского храма и оформляет въезд в монастырь со стороны дороги на Архангельск, Кириллов и Белозерск. Святые ворота, Вознесенская церковь над ними и часть каменной стены являются самыми древними элементами монастырской ограды, возникшими в конце XVI века, когда остальные стены с башнями были еще деревянными. Позднее они были включены в кольцо крепостных стен XVII века и выглядят как бы встроенными в более поздние каменные стены.

Изначально, в 1590 году, церковь была освящена во имя Святого Великомученика Феодора Стратилата, покровителя русских воинов, защищавшего вход в обитель, и носила это имя до XIX века. Есть предположение, что освящение было связано с ангелом царя Федора, сына Ивана IV, который вступил на престол в 1584 году и, возможно, способствовал строительству в монастыре. В XVIII и начале XIX века церковь пострадала от пожаров и оставалась в плохом состоянии до 1815 года, когда была переосвящена во имя Вознесения Господня.

Надвратная церковь, посвященная Федору Стратилату и Вознесению Господню, неоднократно перестраивалась, но современные реставрации вернули ей первоначальный вид. Сейчас она вновь занимает важное место в архитектурном ансамбле монастыря. Вознесенский храм отличается простой и оригинальной композицией. Его кубический объем, как у древнейших надвратных сооружений Руси, не имеет алтарных апсид. Храм завершается одной световой главой, изначально установленной на два ступенчато-пирамидальных яруса кокошников, которые в 1815 году заменили купольной кровлей. Кокошники служили декоративным элементом, подчеркивающим стройность силуэта постройки.

Колокольня у надвратной церкви упоминается в монастырских описях 1684-1693 годов. Рядом с Вознесенской церковью была пристроена каменная часовня с колоколами и колесными боевыми часами, возможно, перенесенными из соборной колокольни. В 1729-1730 годах часовня была переделана в небольшую колокольню, которая сейчас находится рядом с Вознесенской церковью над крепостной стеной. Четырехгранная призма колокольни, украшенная полуколонками и кокошниками, завершается вытянутым шатром и главкой. Несмотря на позднейшее происхождение, колокольня выполнена в традициях древней Руси.

В августе 1990 года надвратная Вознесенская церковь была передана церковной общине, а в 1991 году открыт мужской епархиальный монастырь. В настоящее время храм освящен.