История музея начинается в 1920-х годах и связана с научно-исследовательским обществом «Саха кэскилэ» (Будущее якутов). С самого начала секцию искусства в этом обществе возглавляли выдающиеся деятели национальной культуры П. А. Ойунский и А. И. Софронов. 8 ноября 1928 года в Областном краеведческом музее открылся картинный зал. В 1946 году он был преобразован в Якутский музей изобразительных искусств. В 1970 году музею присвоили имя профессора М. Ф. Габышева. В 1995 году на его основе был создан Государственный музейный художественный комплекс «Национальный художественный музей Республики Саха (Якутия)», включающий четыре филиала в области. Коллекция музея охватывает отечественное и зарубежное искусство XVI и XX веков.

Наиболее значимой частью собрания является коллекция искусства Якутии XVIII и XX веков, включающая живопись, графику, скульптуру, народное и декоративно-прикладное искусство. Особо выделяется раздел якутской резной кости, известный с XVIII века, представляющий богатое наследие народных мастеров. В коллекции традиционного национального искусства представлены художественный металл, резьба по дереву, изделия из бересты, плетение из конского волоса, узорочное шитье и бисерная вышивка по меху и ткани.

Искусство XX века представлено всеми видами, жанрами, стилями и направлениями, включая монографические разделы ведущих художников и графиков Якутии. Постоянная экспозиция размещена в основном трёхэтажном здании музея в центре города, где в наиболее полном объёме представлены коллекции изобразительного искусства Якутии, декоративно-прикладного творчества и произведения известных художников русского и отечественного искусства XVII и XX веков.