La historia del museo comienza en la década de 1920 y está relacionada con la sociedad de investigación científica "Sakha késkilé" (El futuro de los yakutos). Desde el principio, la sección de arte de esta sociedad fue dirigida por destacados representantes de la cultura nacional P. A. Oiunsky y A. I. Sofronov. El 8 de noviembre de 1928 se inauguró la sala de pintura en el Museo Regional de Historia Local. En 1946, se transformó en el Museo de Bellas Artes de Yakutsk. En 1970, el museo recibió el nombre del profesor M. F. Gabyshev. En 1995, se creó sobre su base el Complejo Estatal de Museos de Bellas Artes "Museo Nacional de Bellas Artes de la República de Saja (Yakutia)", que incluye cuatro sucursales en la región. La colección del museo abarca arte nacional y extranjero de los siglos XVI y XX.

La parte más significativa de la colección es la colección de arte de Yakutia de los siglos XVIII y XX, que incluye pintura, gráfica, escultura, arte popular y artesanía decorativa. Destaca especialmente la sección de hueso tallado de Yakutia, conocida desde el siglo XVIII, que representa un rico legado de los maestros populares. En la colección de arte nacional tradicional se presentan metal artístico, tallado en madera, productos de corteza de abeto, trenzado de pelo de caballo, bordado decorativo y bordado de cuentas sobre piel y tela.

El arte del siglo XX está representado en todos los tipos, géneros, estilos y corrientes, incluyendo secciones monográficas de los principales artistas y gráficos de Yakutia. La exposición permanente se encuentra principalmente en el edificio de tres pisos del museo en el centro de la ciudad, donde se presentan de manera más completa las colecciones de arte visual de Yakutia, la creatividad decorativa y las obras de conocidos artistas del arte ruso y nacional de los siglos XVII y XX.