Няганский городской краеведческий музей был создан по распоряжению главы местного самоуправления города Нягани Е.И. Делова 6 июля 1999 года. Планировалось открыть музей в 2000 году, в честь 15-летия города. Музей создавался с нуля, без собственного здания, коллекций и специалистов.

В течение одного года необходимо было сформировать фонды, одновременно начались работы по переоборудованию здания бывшего магазина под музей. Благодаря традиционным методам сбора экспонатов, таким как экспедиции, обходы дворов и обращения к жителям, задача была успешно решена. К моменту официального открытия фонды музея насчитывали более 5000 экспонатов.

Группа «Артефактум» под руководством Ю.В. Калмыкова, работающая в составе НПМП «Волот», за несколько месяцев превратила пустующее помещение в маленькое произведение искусства.

В 2009 году «Центр прикладного творчества и ремесел» был переименован в «Центр малочисленных народов Севера» и переехал в новое современное здание. На основании постановления главы администрации города А.В. Рыженкова от 24 декабря 2008 года музей получил новое название, муниципальное автономное учреждение муниципального образования г. Нягань «Музейно-культурный центр».