Das Njağan Stadtmuseum wurde auf Anordnung des Bürgermeisters der Stadt Njağan, E.I. Delow, am 6. Juli 1999 gegründet. Geplant war die Eröffnung des Museums im Jahr 2000, anlässlich des 15-jährigen Bestehens der Stadt. Das Museum wurde von Grund auf neu geschaffen, ohne eigenes Gebäude, Sammlungen und Fachleute.

Innerhalb eines Jahres mussten die Bestände gebildet werden, gleichzeitig begannen die Arbeiten zur Umgestaltung des ehemaligen Geschäftshauses in ein Museum. Dank traditioneller Methoden zur Sammlung von Exponaten, wie Expeditionen, Rundgänge durch Höhlen und Anfragen bei den Bewohnern, wurde die Aufgabe erfolgreich gelöst. Zum Zeitpunkt der offiziellen Eröffnung umfassten die Bestände des Museums mehr als 5000 Exponate.

Die Gruppe "Artefaktum" unter der Leitung von J.V. Kalmykov verwandelte innerhalb weniger Monate den leerstehenden Raum in ein kleines Kunstwerk.

Im Jahr 2009 wurde das "Zentrum für angewandte Kreativität und Handwerk" in "Zentrum der kleinen Völker des Nordens" umbenannt und zog in ein neues modernes Gebäude um. Aufgrund des Beschlusses des Bürgermeisters der Stadt A.V. Ryzhenkov vom 24. Dezember 2008 erhielt das Museum einen neuen Namen, die kommunale autonome Einrichtung der Gemeinde Njağan "Museumskulturelles Zentrum".