Мышкинский народный музей был основан местными краеведами в 1966 году. Долгое время он существовал благодаря усилиям энтузиастов, не получая государственной поддержки.

Идея создания музея, посвященного мыши, появилась в начале 1990-х годов. После публикации информации о новой коллекции в газетах, в Мышкин начали поступать подарки из разных уголков страны и из-за рубежа. Среди первых и наиболее известных дарителей были академик Дмитрий Сергеевич Лихачев и поэт Булат Окуджава.

Существует несколько версий происхождения названия древнего города Мышкина. Согласно одной из легенд, князь Федор Михайлович Мстиславский отдыхал на берегу Волги, когда его разбудила пробежавшая мышь. Сначала князь рассердился, но затем заметил подползавшую змею и понял, что мышь спасла его от неприятностей. Поселение назвали Мышкиным, а в 1777 году оно получило статус города. Сегодня изображение мыши украшает герб Мышкина.

В настоящее время в каждом из четырех залов музея представлено по 100-120 фигурок мышей. Они изготовлены из дерева, камня, воска, фарфора, янтаря, стекла, ниток, ткани и металла, создавая настоящее мышиное царство. В музее хранится множество мягких игрушек, включая оригинальные авторские работы. Главный персонаж изображен на стенах и картинах. Здесь можно увидеть фигурки героев популярных диснеевских мультфильмов, таких как забавный мышонок Джерри и Микки Маус, а также несколько образцов компьютерной мыши.