Ни один гость нашего города не может пройти мимо этого величественного здания. Входоиерусалимский храм-корабль с колокольней-мачтой, построенный на средства тотемских купцов и мореходов Григория и Петра Пановых, считается одной из вершин северного барокко. В честь 300-летия русского флота на первом этаже церкви был открыт музей мореходов, посвящённый удивительным страницам истории города, благодаря которым Тотьма получила славу «города русских Колумбов».

Во второй половине XVIII века тотемские купцы снарядили около двадцати экспедиций к восточным рубежам России, побережью Тихого океана, Аляске и Алеутским островам. Основной целью этих путешествий была добыча пушнины, которая в то время высоко ценилась, и в этом деле тотьмичи достигли значительных успехов. Императрица Екатерина Великая знала о промысловых походах и в 1780 году утвердила герб Тотьмы с изображением чёрной лисы на золотом фоне, символизируя ловкость жителей в охоте на этих зверей.

Музей мореходов включает три тематических комплекса. Первый посвящён истории российского флота с момента его зарождения. Во втором зале подробно рассказывается об истории тотемского мореходства, его влиянии на жизнь города и храмах, построенных на средства местных купцов. Третий зал посвящён ХХ веку и судьбам тотьмичей, служивших на флоте, а также новому проекту, продолжающему традиции тотемского мореходства, «Школе путешественников Фёдора Конюхова».

В часы работы музея можно подняться на колокольню, где воссоздана действующая звонница. Считается, что это лучшая высотная точка для обзора города. Профессиональные звоны ежедневно исполняет сотрудник музея Андрей Алексеевич Новиков.

На втором этаже находится храм Николая Чудотворца, освящённый в 2017 году. В его помещении частично сохранились росписи, которые можно осмотреть в часы работы церкви, не зависящие от музейного объединения.

В 2020 году музей мореходов планирует переехать в комплекс усадьбы купца Фёдора Холодилова на Набережной Кускова.

Администрация музея приносит извинения посетителям за следы незавершённого ремонта и просит отнестись с пониманием.