Музей-лаборатория Евгения Константиновича Завойского был открыт в сентябре 1997 года. Именно в комнате №246 главного здания Казанского государственного университета в 1944 году Завойский впервые в мире зафиксировал сигналы магнитного спинового резонанса. Идея воссоздания установки для наблюдения эффекта поглощения радиочастотного поля в веществе, когда радиочастотное поле перпендикулярно магнитному, получила полную поддержку от члена-корреспондента АН СССР и заведующего кафедрой магнитной радиоспектроскопии С.А. Альтшулера. Это привело к созданию музея-лаборатории.

Перед открытием музея была проведена значительная подготовительная работа. В течение 15 лет велись поиски в библиотеках, архивах и музеях, научно-исследовательских институтах и университетах Казани и Москвы. В частности, исследования проводились в фондах Казанского государственного университета, Казанского филиала Академии наук, Института физических проблем им. П.Л. Капицы, Академии наук СССР, МГУ, а также в семье Завойских и Национальном архиве Республики Татарстан.

Были собраны воспоминания коллег и современников Завойского, включая профессоров Казанского университета С.А. Альтшулера и Б.М. Козырева. Важное место занимают рассказы его родственников, дочери Натальи и брата Вячеслава. Поиск подлинных приборов, на которых работал Завойский, проводился в различных институтах и школах Казани, а также на заводе и среди частных лиц.

К 50-летию открытия эффекта электронного парамагнитного резонанса в Казанском университете была организована выставка физических приборов XIX и начала XX века, включая действующую установку по магнитному резонансу, описанную в лабораторных тетрадях Завойского.

Эти материалы вызвали большой интерес у участников международного конгресса "AMPERE", который проходил в Казани в 1994 году. Нобелевский лауреат профессор Хан был поражен коллекцией приборов, которую редко можно увидеть даже на Западе. Ученые предложили создать музей-лабораторию Завойского в Казанском университете. Это предложение поддержали ученые из России, Америки, Англии, Германии, Франции, Японии и других стран, что подтверждают подписные листы, хранящиеся в музее.

Однако только через четыре года было принято решение о передаче аудитории №246 под музей, где и был открыт ЭПР.

Сотрудникам музея предстояло воссоздать интерьер лаборатории 1930-1940 годов, восстановить старый дубовый паркет, окна, двери, стены, потолок и светильники типа "Лютеци", а также лабораторное оборудование и физические приборы XIX и начала XX века, включая те, на которых работал Завойский. Кроме того, они продолжили формирование личного архива Евгения Константиновича и его научной библиотеки.