Музей, основанный в 1980 году, является объектом культурного наследия республиканского значения. В экспозиции «Елабуга. На пути к тысячелетию» представлено богатое событиями и именами прошлое Елабуги. Археологические находки и исторические документы рассказывают о возникновении болгарского городского поселения, занятиях жителей села Трехсвятского, основании уездного города Елабуги в составе Вятского наместничества и развитии купеческого сословия.

В августе 2007 года в великолепном особняке купца Николаева был открыт новый музейный комплекс, объединивший различные проекты по направлениям и тематикам в рамках одного подразделения. Экспозиция Музея истории города посвящена тысячелетней Елабуге и её удивительной природе. Здесь работают интерактивные ремесленные мастерские, музей-театр «Трактир» с русской кухней и выставочный зал. Ежегодно комплекс привлекает более 60 тысяч туристов.