Музей истории православия был открыт 4 ноября 2016 года, совпав с празднованием Дня народного единства и Дня образования Марийской автономной области. Он является филиалом Национального музея Республики Марий Эл имени Т. Евсеева.

Экспозиция музея посвящена истории православия на марийской земле, включая строительство храмов и приходскую жизнь в Марийском крае в XVIII и начале XX веков. Также освещена миссионерская и культурно-просветительская деятельность церкви в этот период, история православной церкви в советское время и современное состояние православия в Республике Марий Эл.

В экспозиции представлены материалы из фондов Национального музея РМЭ им. Т. Евсеева, такие как иконы, распятия, складни, облачения священнослужителей, фотодокументы и духовная литература. Включены инсталляции, такие как «Монашеская келья Свято-Троицкого женского монастыря в Козьмодемьянске» и «Разрушение Входо-Иерусалимской церкви Богородице-Сергиева женского монастыря». Также можно увидеть макеты церквей Йошкар-Олы.