Музей истории открыл свои двери для посетителей 30 ноября 1979 года. В его экспозиции представлено более полутора тысяч экспонатов, которые рассказывают о двухсотлетней истории Казанского федерального университета. Основной раздел посвящен достижениям в области науки, исследованиям и открытиям, а также научным школам, которые принесли университету мировую известность. Особое внимание уделено выдающимся ученым, известным выпускникам и участию университета в общественно-политической жизни страны.

Помимо основной экспозиции, расположенной в бывшей университетской церкви, в музее есть мемориальный комплекс, созданный под руководством доктора исторических наук профессора Г. Н. Вульфсона, а также аудитория юридического факультета и актовый зал с интерьерами второй половины XIX века.