Музей начал формироваться в 1972 году с момента основания СГУ и тесно связан с исследовательской работой археологов и этнографов университета. В 1973 году прошла первая археологическая экспедиция студентов исторического факультета, организованная Э.А. Савельевой (д.и.н.). Собранные экспонаты стали основой коллекции будущего музея и были показаны на выставке в том же году.

Одновременно с археологическими исследованиями проводились и этнографические, которые возглавлял В.А. Семенов (д.и.н., проф.). Многие музейные экспонаты были найдены им во время полевых работ. В 1978 году была создана первая постоянная выставка археологических находок, а позже открылась и этнографическая выставка. Значительный вклад в развитие музея внесла Татьяна Ивановна Чудова.

Изначально работа велась на общественных началах, а официальное учреждение музея состоялось 29 июля 1982 года. К открытию VI Международного конгресса финно-угроведов в 1985 году была оформлена экспозиция, просуществовавшая до 1998 года.

В 1999 году, после переезда исторического факультета в новое здание на улице Катаева, 9, был разработан проект новой музейной экспозиции, соответствующий современным стандартам.

Коллекция музея насчитывает более 800 тысяч единиц хранения. Археологические материалы охватывают период от 10 тысяч лет назад до XIV века н. э. Этнографические материалы отражают традиционную культуру коми народа, включая основные занятия населения и аспекты материальной и духовной культуры.