История монастыря началась в 1994 году благодаря епископу, ныне митрополиту Симбирскому и Новоспасскому Проклу. После назначения в Ульяновск он изучал епархию и обратил внимание на большую каменную церковь, стоявшую на окраине села Комаровка по дороге на Ундоры. Владыка увидел там холм, напоминавший ему Пюхтицкую горку, и решил основать женский монастырь.

Особое внимание стоит уделить храму в честь Архистратига Михаила. По словам Владимира Ефимова, заведующего Ундоровским краеведческим музеем, церковь была заложена в 1895 году, а освящена 8 ноября 1917 года. Она успела провести лишь одну службу, после чего была закрыта новой властью, так и не будучи расписанной изнутри. Храм, построенный в русско-византийском стиле, отличается изяществом и напоминает корабль в пустыне. Как и многие другие, он был закрыт в 1939 году.

В июне 1995 года Владыка назначил инокиню Марину Митропольскую, ныне игуменью Магдалину, сначала строительницей, а затем исполняющей обязанности настоятельницы будущей обители. С этого момента началось активное строительство монастыря в честь Михаила Архангела. Первый небольшой дом был возведен за 4 месяца из старого сруба для ночлега на территории монастыря. Сейчас монастырь включает одиннадцать жилых зданий, в том числе большую благоустроенную гостиницу для паломниц.

Монастырь расположен на холме и окружен оврагом с трех сторон, а многочисленные источники питают монастырский пруд. На одном из источников построена изящная купальня в честь Архангела Михаила, в которой люди окунаются для оздоровления.