Церковь в селе Мендерское Белозерского района Курганской области впервые упоминается во второй половине XIX века. Согласно сохранившимся приходским книгам, уже в 1865 году отец Дмитрий Доброходов, дьякон Николай Арзамазов, пономарь Епифан Попов и другие служители церкви активно вели свою деятельность. Они отпевали умерших, регистрировали новорождённых, проводили обряды крещения и венчания, а также вели статистику села.

Церковь того времени была деревянной, но в 1895 году она сгорела. На её месте в 1907 году была возведена новая каменная церковь, строительство которой финансировалось прихожанами и частными благотворителями.

После принятия декрета Совета Народных Комиссаров РСФСР "Об отделении церкви от государства и школы от церкви" от 23 января 1918 года, Мендерская церковь потеряла юридический статус и была закрыта в 1938 году.

До 1967 года в здании церкви располагались сельский клуб и библиотека, позже оно использовалось как зерносклад. Со временем здание пришло в упадок и подверглось разграблению. К 1984 году церковные купола и звонница были разрушены, окна и двери разбиты, а фрески и росписи на стенах и купольном своде уничтожены.