30 августа 1756 года императрица Елизавета Петровна издала указ о создании русского государственного профессионального театра. В это же время в Московском университете возникла любительская театральная труппа под руководством М.М. Хераскова. В 1759 году, объединив итальянскую комическую оперу Дж. Б. Локателли с университетским театром, была создана первая московская профессиональная труппа, публичный "Российский театр". Московский театр второй половины XVIII века был связан с частными антрепренерами, такими как Н.С. Титов, П.В. Урусов и М.Е. Медокс.

В 1806 году в Москве появилась Императорская казенная театральная труппа, где драматические актеры работали вместе с оперными и балетными. После пожара Большого Петровского театра в 1805 году у труппы не было собственного здания, и спектакли проводились в различных местах, таких как театр князя Волконского и Дом Пашкова.

В 1821 году император Александр I утвердил проект О.И. Бове по застройке Петровской площади, где купец В.В. Варгин приобрел три участка. Дом Варгина был построен в 1821 году по проекту О.Бове. В 1824 году Варгин сдал часть здания в аренду императорским театрам, и оно было перестроено под театр. В 1837 году здание было выкуплено дирекцией Императорского Московского театра.

Первый спектакль в новом театре состоялся 14 октября 1824 года. Большой и Малый театры имели общую труппу и ставили драму, оперу и балет. Первоначально слово "малый" относилось к размеру здания, но к середине XIX века "Большой" и "Малый" стали именами собственными.

В 1838 и 1840 годах здание театра было перестроено по проекту К.А. Тона, который создал новый зрительный зал и сцену. С 1840 года на этой сцене выступала труппа Малого театра, где играли такие известные актеры, как П.С. Мочалов и М.С. Щепкин. Здесь ставились пьесы Фонвизина, Грибоедова, Гоголя и других, но особенно значимым стало имя А.Н. Островского, в честь которого театр называют "Домом Островского".

В 1929 году перед театром был установлен памятник А.Н. Островскому. В 1939 году был принят проект полной реконструкции театра. В 1991 году Малый театр был внесен в список национального достояния России. В 2010 году он стал членом Союза театров Европы.

С 1940 года театр был закрыт для зрителей, а восстановительные работы проводились в 1945 и 1948 годах под руководством А.П. Великанова. Последняя реконструкция проходила с 2011 по 2016 годы и включала реставрацию фасадов и интерьеров. В 2018 году театр стал лауреатом конкурса "Московская реставрация" за лучшую организацию ремонтно-реставрационных работ.