История села Крестобогородского берет начало в 1655 году, когда ростовский митрополит Иона Сысоевич установил здесь крест в память об избавлении Ярославля от моровой язвы в 1654 году. Это место, известное как Поклонная гора, являлось высшей точкой при въезде в Ярославль. Уже в XVII веке отсюда открывался вид на город с его белыми башнями и многочисленными храмами. Владыка выбрал это место не случайно, так как в допетровской Руси красота и религия были неразделимы.

Изначально крест находился в деревянной часовне, рядом с которой поселились несколько семей из близлежащих деревень. В 1677 году крестьяне Спасского монастыря построили рядом деревянную церковь Положения Ризы Богоматери. Эти земли принадлежали монастырю, который снабдил храм необходимыми иконами и книгами. В честь креста и Богородичного образа село получило название Крестобогородского.

В 1760 году прихожане построили каменную церковь рядом с часовней, используя материалы, пожертвованные Дмитрием Затрапезновым. Главный престол посвятили Положению Ризы Богоматери, а зимний придел, Николаю Чудотворцу, позже переименованный в честь Филиппа, митрополита Московского. Новую церковь освятил митрополит Арсений.

В 1762 году деревянная церковь была разобрана и перевезена в село Сидорково. В 1806 году архиепископ Антоний, ежедневно молившийся у креста, благословил строительство теплой церкви Животворящего Креста Господня. В 1817 году резчик Гаврила Столарев создал для храма иконостас и престол. Росписи храма были выполнены после 1825 года под руководством священника Андрея Смирнова.

Главная святыня храма, крест митрополита Ионы, окруженный иконами Богоматери и святых. В 1884 году поток паломников к святыне был настолько велик, что священник Валентин Орлов пригласил богомольцев на литургию по пятницам.

В 1989-1994 годах святыня была отреставрирована. Среди новых святынь, икона «Положение ризы Богоматери во Влахерне» с частицей ризы. На Поклонной горе ополчение Минина и Пожарского устроило привал перед походом на Москву. Жители Ярославля приходили сюда любоваться видом на город.

Крестобогородская церковь, одна из пяти в Ярославле, где богослужения не прекращались в советское время. В 1966 году было принято решение о сносе церкви для строительства дороги, но благодаря усилиям прихожан и вмешательству Министерства культуры храм был сохранен. В 1968 году власти предложили перевести приход в другой храм, но община отказалась. В итоге было принято решение о продолжении богослужений в Крестобогородском храме.

Сегодня Ризоположенский храм находится под управлением Русской Православной Церкви. За последние два десятилетия в нем проведены реставрационные работы, в том числе установка новых полов и отопления, а также роспись интерьеров. В 2008 году на колокольню был поднят новый колокол.