Колокольня была построена в 1838, 1841 годах по заказу настоятеля Фотия, но уже после его кончины. Финансирование строительства обеспечила дочь графа Орлова, единственная наследница его большого состояния. Проект разработал известный архитектор Карло Росси, а строительством руководил архитектор Соколов. Примечательно, что Николай Первый не одобрил первоначальный проект, приказав убрать средний ярус, чтобы Новгородская звонница не превышала высоту столичной колокольни Ивана Великого. Сейчас её высота составляет 52 метра.

Ранее на башне было больше колоколов. На самом верхнем, четвёртом ярусе, находились часы, а семнадцать колоколов, расположенные ниже, отбивали время. Ещё пятнадцать колоколов находились ещё ниже. Самый большой колокол, набат, весил более 33 тонн и назывался «Неопалимая купина». Другой колокол, «Крест», весил 18 тонн 200 килограммов и был вторым по величине. В настоящее время на верхнем ярусе установлены антенны для мобильной связи. Последняя реставрация здания колокольни проводилась в 2009 году.