Пятиярусная колокольня с нижним ярусом, в котором находятся Святые врата, служит главным входом в монастырь. Впервые она упоминается в описях 1764 года, однако специалисты предполагают, что её построили в 1740 году. Уменьшающиеся уступы восьмериков в каждом ярусе придают ей сходство с башней. Верхняя часть колокольни украшена барабаном с кирпичным орнаментом и увенчана луковкой с золотым крестом. В среднем ярусе были установлены часы с боем. Согласно описи 1764 года, колокольня была каменной, с ветхими часами русской работы и семью колоколами разного веса, а под ней находились створчатые Святые врата. В 1820 году количество колоколов увеличилось до девяти, о чем архимандрит Свято-Николаевского монастыря Иннокентий сообщил в рапорте Курской консистории.

На втором ярусе колокольни располагался архив, а с 1910 года, библиотека. Арочные дубовые двери с засовом указывают на то, что здесь когда-то хранились ценные вещи, книги или документы. Колокольню не раз перестраивали и ремонтировали, к её стенам добавляли хозяйственные помещения.

В годы лихолетья это величественное сооружение пострадало: долгое время колокольня стояла с заложенными кирпичом Святыми вратами, без креста и с разрушенным фасадом. Примыкающие к ней полуразрушенные постройки были без крыш. В настоящее время колокольня отреставрирована, восстановлены кирпичные узоры, установлены колокола и крест.